Antibiotik bekerja dengan membunuh bakteri. Pada bisul biasa yang murni disebabkan infeksi bakteri, ini efektif. Tapi pada HS, peradangan kronis merupakan bagian utama dari proses penyakit. Bakteri dapat berperan sebagai infeksi sekunder, tetapi mengatasi bakteri saja tidak selalu mengendalikan proses penyakitnya.
Pada HS, antibiotik dapat membantu mengendalikan komponen infeksi atau peradangan tertentu, tetapi pada sebagian pasien penyakit tetap dapat berulang karena proses peradangannya masih aktif.