Berbeda dengan metode pencegahan lainnya, tingkat perlindungan PrEP sangat bergantung pada kepatuhan pengguna dalam mengkonsumsi obat. Semakin konsisten pengguna mengikuti jadwal minum obat, semakin tinggi kadar zat aktif di dalam tubuh untuk mencegah replikasi HIV.
Sebaliknya, melewatkan dosis atau berhenti minum obat tanpa konsultasi medis akan menurunkan efektivitas perlindungan. Oleh karena itu, bagi siapa pun yang memutuskan menggunakan PrEP untuk pencegahan HIV, penting untuk memahami bahwa disiplin adalah kunci suksesnya perlindungan maksimal.
Selain itu, meskipun PrEP mampu mencegah penularan HIV dengan baik, pengguna tetap disarankan untuk melakukan hubungan seks yang aman, seperti memakai kondom, karena PrEP tidak melindungi dari
infeksi menular seksual (IMS) lain seperti sifilis atau gonore.