Pencegahan kanker anus yang disebabkan oleh HPV risiko tinggi sangat bergantung pada
vaksinasi HPV. Vaksin ini sangat efektif dalam melindungi dari tipe HPV risiko tinggi seperti tipe 16 dan 18, dan disarankan untuk diberikan pada remaja sebelum mereka menjadi aktif secara seksual. Selain itu, orang yang berisiko tinggi juga disarankan melakukan pemeriksaan rutin seperti anal pap smear untuk mendeteksi perubahan sel yang abnormal.